Thỉnh thoảng, Ran hay nghi ngờ về chuyện Conan chính là Shinichi, tuy không hiểu bằng cách nào. Ran hiểu con người của Shinichi hơn bất cứ ai khác, với lại Conan cũng không thể diễn 24/7 được, nếu như có dấu hiệu nào đó, mà chắc chắn là có, thì người đầu tiên nhận ra không ai khác chính là Ran. Còn một khía cạnh nữa: Ran không muốn tin rằng Shinichi đã bỏ mình mà đi – cô muốn tin là cậu ta vẫn ở bên cạnh mình, nên cô mới bám lấy cái giả thuyết đó và gán cho người gần mình nhất và có nhiều điểm tương đồng với Shinichi nhất, chưa kể người đó xuất hiện vào đúng cái ngày Shinichi mất tích. Tuy nhiên Ran nhanh chóng kết luân rằng giả thuyết này quá vô lí, không thể nào có chuyện người lớn bị thu nhỏ lại thành trẻ con (trong phạm vi hiểu biết của cô thì là như thế) trong khi anh em họ hàng thân thích thì rất có thể giống nhau. Dù Ran không muốn tin rằng Shinichi đã bỏ cô mà đi, cô cũng đồng thời không chấp nhận được chuyện Shinichi lừa dối mình, cho nên cuối cùng đã dẹp mọi nghi ngờ đi. Conan cũng luôn xoay xở được để "chứng minh" rằng cô đã sai lầm vào những lần bị cô nghi ngờ.

Lần đầu, là khi có người nhờ đến sự giúp đỡ của ông Mori Kogoro để tìm hiểu về số tiền và đồ chơi kì lạ được gửi đến. Conan phán đoán y như Shinichi nên cô đã có sự nghi ngờ. Conan đã phát hiện điều đó và nhờ ông Agasa dùng nơ thay đổi giọng nói để gọi cho Ran với giọng Shinichi để cô hết nghi ngờ.

Lần khác, là khi Ran đi học về, thấy Conan đang ngủ trên ghế sofa, cô cất kính cho cậu bé và nhận thấy rằng cậu giống Shinichi thời nhỏ một cách đáng kinh ngạc. Ngoài ra cô còn nhận thấy tài năng thám tử tuyệt vời của Shinichi trong Conan, đồng thời Conan rất kém về âm nhạc, giống như Shinichi. Tuy nhiên, khi Ran truy hỏi Conan thì mẹ của Shinichi xuất hiện và giải thích rằng Conan là họ hàng xa của nhà Kudo, đồng thời Shinichi đã từng dạy Conan các kĩ năng thám tử.

Một lần khác, Ran hầu như chắc chắn rằng Conan là Shinichi, khi Conan bị thương trong một vụ án, khi chưa xét nghiệm máu, Ran đã khẳng định mình có cùng nhóm máu với cậu bé. Tuy nhiên với sự giúp đỡ của Haibara, Shinichi tiếp tục đánh lừa Ran, khi cậu uống thuốc được Haibara bào chế, tạm thời trở lại hình dáng Shinichi (loại thuốc này có hiệu lực trong vòng 24 giờ.Hiện tại thì đối với cơ thể của Conan,do quá lạm dụng vào thuốc để trở lại thành Shinichi nên thời gian sử dụng thuốc của cậu giảm dần vì cơ thể của cậu đã hình thành kháng thuốc) và Haibara hóa trang thành Conan để hai người xuất hiện cùng một thời điểm.

Trong một tập khác, Conan để quên điện thoại trên ghế và đúng lúc đó, Ran gửi một email cho Shinichi, cô nhận thấy điện thoại của Conan bắt đầu rung, cô lúng túng, kiểm tra di động của cậu bé và nhận ra có một email mới, tuy nhiên chưa đọc nội dung của nó. Conan lúc đó vào phòng, nhận thấy điện thoại của mình trong tay Ran và ngay lập tức lấy lại nó, lúng túng hỏi Ran đã xem chưa. Cậu ngay lập tức nhận ra sự nghi ngờ của Ran về thân phận Conan. Tuy nhiên với một chút "ảo thuật", Shinichi gọi điện cho Ran trong lúc Conan có mặt, và cho cô biết số điện thoại của cậu, khiến cô tạm thời quên đi sự nghi ngờ về thân phận của Conan.

Trong vụ án ở làng Okuho khi có người giả dạng làm Shinichi, cô để ý thấy Heiji lấy được mẫu dấu tay của Shinichi trên bùa đeo cổ, trong khi cô nhớ chắc chắn người chạm vào cái bùa đó là Conan cơ (xem lại file 693). Kazuha có đưa ra vài lời giải thích nhưng trông Ran vẫn chưa hết vẻ nghi ngờ.